Stížnost lze předložit jen písemným podáním adresovaným tajemníkovi Soudu, a to až na výjimky na předepsaném formuláři a s potřebnými přílohami. Kancelář Soudu potvrdí doručení stížnosti a její přijetí k dalšímu posouzení, nebo stěžovatele vyrozumí o tom, že stížnost pro nerespektování formálních požadavků nelze projednat.
Je-li stížnost projednatelná, Soud posoudí splnění podmínek přijatelnosti stížnosti, mezi které patří – nikoli však výlučně – vyčerpání účinných vnitrostátních prostředků nápravy a dodržení šestiměsíční lhůty od posledního vnitrostátního rozhodnutí ve věci (zpravidla takového, jímž byly vnitrostátní prostředky nápravy vyčerpány). Při nesplnění byť i jedné z podmínek přijatelnosti stanovených v článcích 34 a 35 Úmluvy ve vztahu k některé stížnostní námitce bude tato námitka, případně celá stížnost odmítnuta (prohlášena za nepřijatelnou). Podrobnější informace o podmínkách přijatelnosti lze čerpat z Praktické příručky k podmínkám přijatelnosti.
Jestliže nebyla stížnost při prvotním posouzení odmítnuta jako celek, Soud ji oznámí žalovanému státu. Tím nastává další fáze řízení, v níž je již zpravidla nutné mít právní zastoupení a obracet se na Soud v některém z jeho jednacích jazyků (angličtina a francouzština). Řízení je obvykle písemné, nerozhodne-li Soud nařídit jednání.
Soud může stížnost stále odmítnout jako nepřijatelnou. Pokud tak neučiní, rozhodne o odůvodněnosti stížnostních námitek prohlášených za přijatelné a vydá rozsudek, v němž určí, zda (případně v jakém rozsahu) došlo k porušení Úmluvy, a rozhodne případně také o přiznání spravedlivého zadostiučinění k náhradě účelně vynaložených nákladů řízení, majetkové škody a nemajetkové újmy.
Řízení o stížnosti může být také zastaveno (vyškrtnutí stížnosti ze seznamu projednávaných případů), a to za předpokladu smírného urovnání, vyřešení věci, zpětvzetí stížnosti, případně z jiného podstatného důvodu.
Rozsudky Soudu (o porušení Úmluvy či o spravedlivém zadostiučinění) jsou závazné pro stát, vůči němuž stížnost směřovala. Nad výkonem rozsudků dohlíží Výbor ministrů Rady Evropy.
Schéma projednávání stížnosti lze nalézt na internetových stránkách Soudu.