Rejstříkový soud usnesením návrh na zápis odmítne, jestliže byl podán osobou, která k návrhu není oprávněna, nebyl podán předepsaným způsobem, neobsahuje všechny předepsané náležitosti, je nesrozumitelný nebo neurčitý, nebo k němu nebyly připojeny listiny, jimiž mají být podle ZVR nebo jiného zákona doloženy údaje o zapisovaných skutečnostech (§ 86 ZVR). Rejstříkový soud vydá ve lhůtě 3 pracovních dnů ode dne doručení návrhu soudu usnesení, kterým vyzve navrhovatele k odstranění vad návrhu nebo k doplnění chybějících listin. Lhůta k provedení zápisu počíná běžet dnem následujícím po dni, kdy bylo rejstříkovému soudu doručeno podání, jímž byly vady odstraněny nebo listiny doplněny (§ 88 ZVR).
Pokud nebyl návrh na zápis odmítnut, rejstříkový soud zkoumá, zda údaje o skutečnostech, které se do spolkového rejstříku zapisují, vyplývají z listin, které mají být k návrhu doloženy, a zda navrhované jméno není zaměnitelné s jiným již existujícím zapsaným jménem, popřípadě není-li klamavé. Rejstříkový soud také zkoumá, zda provedení zápisu nebrání probíhající trestní stíhání proti právnické osobě nebo výkon trestu, který jí byl uložen podle zákona upravujícího trestní odpovědnost právnických osob a řízení proti nim (§ 90 ZVR).
Rejstříkový soud provede zápis nebo rozhodne o návrhu usnesením. Pokud zapisované skutečnosti nejsou do spolkového rejstříku zapsány do třiceti dnů od podání návrhu na zápis a v této lhůtě není ani vydáno rozhodnutí o odmítnutí zápisu, považují se tyto skutečnosti za zapsané do spolkového rejstříku třicátým dnem od podání návrhu (§ 226 odst. 3 OZ). Rejstříkový soud promítne zápis do 2 pracovních dnů ode dne, kdy se takový zápis považuje za provedený (§ 98 odst. 2 ZVR). Rejstříkový soud vyrozumí účastníky o provedení zasláním výpisu z veřejného rejstříku obsahujícího tento zápis. Vyrozumění zašle rejstříkový soud také osobám, které se zapisují podle jiného zákona v rámci zápisu zapsané osoby. Výpis musí být odeslán nejpozději do 3 dnů od zápisu (§ 102 ZVR).
Změna údajů prostřednictvím notáře
Od 1. 7. 2015 mají možnost provádět změny zapsaných údajů ve spolkovém rejstříku i notáři (blíže srov. Zápis do veřejného rejstříku). Nutno podotknout, že při zápisu prostřednictvím notáře je nutné počítat s vynaložením nákladů na návštěvu notáře a jeho odměnu v souvislosti se sepsáním notářského zápisu. Přitom občanský zákoník nestanoví, aby stanovy či usnesení členské schůze byly činěny, resp. osvědčeny notářským zápisem. Ve většině případů proto budou i nadále provádět změny zapsaných údajů především příslušné rejstříkové soudy.